Übungsfragen zur Prüfungsvorbereitung im Bereich Advanced Chemistry. Beispiele: Describe two methods for genome-wide analysis of alternative splicing. What has to be done afterwrds? Describe one methode in detail. ...
Inhaltsverzeichnis
- Wahl
- Group II introns and eukaryotic nuclear pre mRNA splice via the same reaction mechanism. Why do eukaryotic introns need spliceosome while group II intron can self-splice?
- What could be advantages of using the spliceosome?
- Wahl
- Describe assay to investigate which step of the splicing is inhibited by SplicEx (incl. control, important reagents, analysis,...)
- What would you see in your assay if SplicEx stalled splicing before the catalytic active complex is formed?
- Heyd
- Describe two methods for genome-wide analysis of alternative splicing.
- What has to be done afterwards? Describe one methode in detail
- Freund
- An antigen is presented on a APC. What happens?
- What enzymes and catalysts are needed to present antigen-peptides?
- Heinemann
- What is a molecular machine?
- What is an AAA ATPase? Give an example.
- How is p97 different from other AAA ATPases?
- Daumke
- What is the function of ras and dynamin GTPases? (keyword)
- Compare the families in respect to their affinity and activity.
- Explain experiments showing these differences (what parameter is measured, set up)
- Why are they different (functional use)?
- Fazit
- Literaturverzeichnis
Zielsetzung und Themenschwerpunkte
Dieser Text befasst sich mit verschiedenen Aspekten der RNA-Prozessierung, insbesondere mit dem Splicing und der Funktion von GTPasen. Die Zielsetzung ist es, ein tieferes Verständnis für die Mechanismen und Regulation dieser Prozesse zu vermitteln.
- Splicing-Mechanismen und Unterschiede zwischen Group II Introns und eukaryotischen Introns
- Vorteile der Verwendung des Spliceosoms
- Methoden zur Untersuchung von Splicing-Inhibitoren
- Genome-weite Analyse von alternativem Splicing
- Funktion und Eigenschaften von GTPasen wie Ras und Dynamin
Zusammenfassung der Kapitel
Das erste Kapitel befasst sich mit den Unterschieden zwischen Group II Introns und eukaryotischen Introns. Es wird erläutert, warum eukaryotische Introns ein Spliceosom benötigen, während Group II Introns sich selbst spleißen können. Die Vorteile der Verwendung des Spliceosoms werden ebenfalls diskutiert.
Das zweite Kapitel beschreibt ein Experiment zur Untersuchung der Wirkung eines Splicing-Inhibitors namens SplicEx. Das Experiment beinhaltet die Durchführung eines in vitro Splicing-Experiments mit einem MBP-MS2-markierten pre-mRNA-Molekül. Die Ergebnisse des Experiments werden analysiert, um zu bestimmen, welcher Schritt des Splicings durch SplicEx gehemmt wird.
Das dritte Kapitel behandelt zwei Methoden zur genome-weiten Analyse von alternativem Splicing: Exon-Arrays und RNA-Sequenzierung. Die Funktionsweise dieser Methoden wird erläutert und ein detaillierter Überblick über die RNA-Sequenzierung gegeben.
Das vierte Kapitel befasst sich mit der Präsentation von Antigenen auf antigenpräsentierenden Zellen (APCs). Es wird beschrieben, wie T-Zellen aktiviert werden und welche Enzyme und Katalysatoren für die Präsentation von Antigen-Peptiden benötigt werden.
Das fünfte Kapitel definiert molekulare Maschinen und AAA-ATPasen. Es wird ein Beispiel für eine AAA-ATPase gegeben und die Unterschiede zwischen p97 und anderen AAA-ATPasen erläutert.
Das sechste Kapitel behandelt die Funktion von Ras und Dynamin GTPasen. Die beiden Familien werden hinsichtlich ihrer Affinität und Aktivität verglichen und Experimente zur Demonstration dieser Unterschiede beschrieben. Schließlich wird die funktionelle Verwendung der beiden GTPasen erläutert.
Schlüsselwörter
Die Schlüsselwörter und Schwerpunktthemen des Textes umfassen Splicing, Spliceosom, Group II Introns, alternative Splicing, Splicing-Inhibitoren, Genome-weite Analyse, RNA-Sequenzierung, Antigenpräsentation, AAA-ATPasen, Ras, Dynamin, GTPasen, Affinität, Aktivität.
- Arbeit zitieren
- Anonym (Autor:in), 2014, Advanced Biochemistry. Übungsfragen, München, GRIN Verlag, https://www.hausarbeiten.de/document/282482
